La Alcaldía es el máximo órgano ejecutivo municipal, está a cargo del Alcalde quien es su representante legal. Le corresponde aplicar las políticas para el desarrollo local integral recogidas por el Plan de Desarrollo Concertado, las producidas por el Concejo Municipal y con lo establecido por la Constitución Política del Perú y la Ley Orgánica de Municipalidades en concordancia con las demás disposiciones legales vigentes.

El Alcalde de la Municipalidad Distrital de Perené desempeña su cargo a tiempo completo y goza de una remuneración mensual fijada discrecionalmente de acuerdo a la capacidad económica municipal y aprobada por acuerdo del Concejo Municipal el primer trimestre del primer año de gestión.

Mediante la Resolución Nº 00074-2013-JNE con expediente Nº J- 2012-00225 y con la notificación Nº00174-02012-SG/JNE. Se reconoce como Alcalde de la Municipalidad Distrital de Perené, Sr. Luis Cesar Yrcañaupa Orejon